Satoshi, 10. yaş gününde uyuyakalıp istediği ilk partner Pokémon yerine inatçı bir Pikachu ile karşılaşır! Ancak zorlu bir başlangıcın ardından Satoshi ve Pikachu yakın dost ve gerçek partner olurlar; efsanevi Pokémon Houou'yu uçarken nadiren gördüklerinde, geride bıraktığı Gökkuşağı Kanadı rehberliğinde onu aramaya karar verirler. Eğitmenler Makoto ve Souji, Satoshi'nin yolculuğunda ona katılır.

Satoshi, 10. yaş gününde uyuyakalıp istediği ilk partner Pokémon yerine inatçı bir Pikachu ile karşılaşır! Ancak zorlu bir başlangıcın ardından Satoshi ve Pikachu yakın dost ve gerçek partner olurlar; efsanevi Pokémon Houou'yu uçarken nadiren gördüklerinde, geride bıraktığı Gökkuşağı Kanadı rehberliğinde onu aramaya karar verirler. Eğitmenler Makoto ve Souji, Satoshi'nin yolculuğunda ona katılır. Yol boyunca Satoshi, terk edilmiş bir Hitokage yakalar, bir Pokémon'u Caterpie'den Butterfree'ye kadar büyütür ve sonra kalbini takip etmesi için serbest bırakır, ayrıca gizemli Efsanevi Pokémon Marshadow ile tanışır. Hedeflerine yaklaştıklarında, Hitokage'nin eski eğitmeni kibirli Cross yollarını keser! Satoshi ve Pikachu bu güçlü Eğitmen'i yenip söz verdikleri gibi Houou'ya ulaşabilecekler mi, yoksa yolculukları burada mı sona erecek?