Unutulmuş çağlarda, Dünya bir meteorla çarpışma rotasına girdiğinde, Efsanevi Pokémon Arceus tehlikeyi önlemek için gücünü kullanmıştı. Ancak bu başarı, onu çevreleyen 16 Plakanın dünyaya dağılmasına neden oldu. Plakaların Arceus'a yaşam enerjisi sağlamamasıyla, ölmek üzereydi. Damon adında bir insan Plakalardan birini bulmayı başardı ve onu ölmekte olan Pokémon'a geri vererek iyileşmesine yardım

Unutulmuş çağlarda, Dünya bir meteorla çarpışma rotasına girdiğinde, Efsanevi Pokémon Arceus tehlikeyi önlemek için gücünü kullanmıştı. Ancak bu başarı, onu çevreleyen 16 Plakanın dünyaya dağılmasına neden oldu. Plakaların Arceus'a yaşam enerjisi sağlamamasıyla, ölmek üzereydi. Damon adında bir insan Plakalardan birini bulmayı başardı ve onu ölmekte olan Pokémon'a geri vererek iyileşmesine yardım etti. Ödül olarak Arceus, Yaşam Mücevherini yarattı ve onu Michina Kasabası halkına verdi, geri iade edilmesi şartıyla, ancak insanlar mücevheri kendilerine saklayarak reddettiler. Devam eden savaşta Damon öldürüldü ve Arceus uykuya daldı, geri döndüğünde insanlığı cezalandıracağına yemin etti. Satoshi ve arkadaşları, Damon'ın soyundan gelen ve Yaşam Mücevherinin kendisinde olduğunu iddia eden ve uyanan Arceus'a geri vermeyi amaçlayan Sheena ile karşılaştıkları Michina Kasabası'na varırlar. Sheena'nın tüm iyi niyetine rağmen Arceus'un tatmin olmamasıyla durum beklenmedik bir hal alır. Satoshi şimdi tüm insan ırkının yok olmasını önlemek zorunda, çünkü Arceus'un öfkesi evrenin dokusunda bozulmalara neden oluyor, Efsanevi üçlü olan Dialga, Palkia ve Giratina'yı öfkelendiriyor ve dünyanın dengesini bozuyor.