Özet

Johto bölgesindeki yolculuklarına devam eden Satoshi ve arkadaşları, Pokémon Su Yarışı adında yıllık bir yarış etkinliğine ev sahipliği yapan bir ada şehri olan Altomare'yi ziyaret ederler. Takeshi ve Kasumi keyifli vakit geçirirken, Satoshi'nin başına tuhaf şeyler gelmeye başlar; bir şekilde su yarışını kaybeder, bazı kadınların Pokémon'larıyla bir kıza saldırdığını görür ve onları kurtarmalarına rağmen, kız daha sonra Satoshi ve Pikachu'yu daha önce hiç görmediğini reddeder! Neyse ki Satoshi için, kafası karışıklığı sona erer çünkü daha önce kendisinin ve Pikachu'nun kurtardığı kızın, aslında insan arkadaşı Kanon gibi görünmeyi seven Latias adında bir Pokémon olduğunu öğrenir. Latias ve bir başka Pokémon olan Latios, Eon Pokémon olarak bilinirler, çünkü Altomare'yi Ruh Damlası adında mistik mavi bir küre ile birlikte yaşarlar ve korurlar. Altomare'nin kadim bir efsanesi, Eon Pokémon ve Ruh Damlası ile derinden bağlantılıdır ve yerel halk arasında iyi bilinir—ayrıca Latias'ın önceki saldırganları olan hırsız kardeşler Zanner ve Lyon arasında da. Hırsızlar hem Eon Pokémon'u hem de Ruh Damlası'nı ele geçirmeye çalışırken, Satoshi onları Altomare'ye felaket getirmelerini engellemek için harekete geçmek zorunda kalır.