Çok uzun zaman önce, Camaron Sarayı halkı yok olmanın eşiğine gelmişti. Neyse ki, Gerçek Aura Muhafızı Sir Aaron onları kurtarınca bu tehlikeden kurtuldular. Krallıklar arasındaki savaşı durdurmak için kendini feda etti. O günden beri, onun asil fedakarlığını anmak için her yıl bir turnuva düzenlenmektedir. Kanto'dan yetişmekte olan bir Pokémon eğitmeni olan Satoshi, son turnuvayı kazanmayı başar

Çok uzun zaman önce, Camaron Sarayı halkı yok olmanın eşiğine gelmişti. Neyse ki, Gerçek Aura Muhafızı Sir Aaron onları kurtarınca bu tehlikeden kurtuldular. Krallıklar arasındaki savaşı durdurmak için kendini feda etti. O günden beri, onun asil fedakarlığını anmak için her yıl bir turnuva düzenlenmektedir. Kanto'dan yetişmekte olan bir Pokémon eğitmeni olan Satoshi, son turnuvayı kazanmayı başarır ve efsaneye göre Sir Aaron'un kendisine ait olduğu söylenen bir asa kullanma izni verilir. Gerçek Muhafız'ın hizmetkarı olan Aura Pokémon'u Lucario, asadan ortaya çıkar. Ancak efendisinin kendisini terk ettiğine dair son anısını hatırlayan Lucario, kafa karışıklığı içinde kaçar. Bu sırada, Satoshi'nin yoldaşı Pikachu aniden Mew adında bir Pokémon tarafından Efsanevi Başlangıç Ağacı'na götürülür. Sadece Lucario oraya giden yolu biliyordur, ancak efendisinin ihanetinden sonra insanlara güvenmek istemez. Yine de, partnerini kurtarmak için Satoshi ve arkadaşları ihtiyaç duydukları tüm yardımı almalı ve yüzyıllar öncesine ait gizli gerçekleri ortaya çıkararak Başlangıç Ağacı'na yolculuk etmelidir.