Birbirleriyle yaşayan ve iletişim kuran Pokémon'ların olduğu bir dünyada, bölgelerindeki zaman akışını düzenleyen Zaman Dişlileri (Time Gears) olarak bilinen efsanevi hazineler bulunmaktadır. Bir tanesi yerinden alınırsa, o bölgede zaman donacaktır, bu yüzden kötü Pokémon'lar bile onları çalmaya cesaret edemezler. Ancak son zamanlarda, karada zaman anomalileri görülmeye başlandı, bu da Gizemli Zin

Birbirleriyle yaşayan ve iletişim kuran Pokémon'ların olduğu bir dünyada, bölgelerindeki zaman akışını düzenleyen Zaman Dişlileri (Time Gears) olarak bilinen efsanevi hazineler bulunmaktadır. Bir tanesi yerinden alınırsa, o bölgede zaman donacaktır, bu yüzden kötü Pokémon'lar bile onları çalmaya cesaret edemezler. Ancak son zamanlarda, karada zaman anomalileri görülmeye başlandı, bu da Gizemli Zindanların (Mystery Dungeons) ortaya çıkmasına ve şiddetli Pokémon'lara neden oluyor. Bu Gizemli Zindanları keşfetmek, şiddetli Pokémon'ları tutuklamak ve barışı korumaya yardımcı olmak için Pokémon keşif ekipleri kuruldu. Zaman anomalilerinin, Zaman Dişlilerinin yakın zamanda kaybolmasından değil, Temporal Tower'ın yavaş yavaş parçalanmasından ve Dialga'nın Dark Dialga'ya yozlaşmasından kaynaklandığı ortaya çıktı. Yeni şöhret kazanan hırsız Juptile, Zaman Dişlilerini Temporal Tower'a götürmek ve çöküşünü durdurmak için çalmıştı. İnsan kökenli bir Pochama ve Hikozaru'dan oluşan Pokémon keşif ekibi Team Pokédans, Temporal Tower'ın bulunduğu Hayalet Arazi'ye (Phantom Land) gitmek için Juptile ile ekip kurmak zorunda kalacak. Eğer üçlü başarısız olursa, Temporal Tower tamamen çökecek ve tüm dünya sonsuza dek zamanın içinde donmuş kalacaktır...