Bir gece, Tokyo Ulusal Mikrobiyoloji Enstitüsü, "Kızıl Siyam Kedileri" adını veren gizemli bir organizasyon tarafından saldırıya uğrar. Grup, bilinen bir tedavisi olmayan ve ölüm oranının %80 olduğu söylenen bir virüsün saklandığı yüksek güvenlikli bir laboratuvarı havaya uçurur. Bu terör eylemi, Jirokichi Suzuki'nin geliştirdiği dünyanın en büyük zeplininin tanıtımını gölgede bırakarak manşetlere

Bir gece, Tokyo Ulusal Mikrobiyoloji Enstitüsü, "Kızıl Siyam Kedileri" adını veren gizemli bir organizasyon tarafından saldırıya uğrar. Grup, bilinen bir tedavisi olmayan ve ölüm oranının %80 olduğu söylenen bir virüsün saklandığı yüksek güvenlikli bir laboratuvarı havaya uçurur. Bu terör eylemi, Jirokichi Suzuki'nin geliştirdiği dünyanın en büyük zeplininin tanıtımını gölgede bırakarak manşetlere taşınır. Garip bir şekilde, tanıtıma Kaito "Kaitou Kid" Kuroba için, sergilenen mücevheri çalması için bir meydan okuma notu eklenir: göz kamaştırıcı Lady Sky. Conan Edogawa, Kogorou Mouri, Ran Mouri, Sonoko Suzuki, Profesör Agasa ve Detective Boys ile birlikte zepline binmesine izin verilir. Ancak, eğlenceleri, bilinmeyen bir arayan Jirokichi ile iletişime geçip sigara odasında belirli bir virüs saldıklarını ilan ettiğinde sona erer. Kısa bir süre sonra, yolcular arasında belirtiler görülmeye başlar ve kaos yaşanır. Fırsatı değerlendiren Kızıl Siyam Kedileri aniden ortaya çıkar ve zeplini kaçırır! Saldırganları durdurmak için Conan ve Kaitou Kid, müttefikleriyle birlikte, zaman tükenmeden Kızıl Siyam Kedileri'nin gerçek amacını çözmek ve keşfetmek için ipuçlarını deşifre etmek zorundadır.