Japonya metropolünde karanlığın örtüsü altında, maskeli bir samuray beş adamı öldürür: üçü Tokyo'da, biri Osaka'da ve sonuncusu Kyoto'da. Polis, her adamın Budist heykelleri ve eserlerinin çalınmasına odaklanan ve Minomoto no Yoshitsune'nin hizmetkarları adıyla anılan bir hırsız çetesi olan Genjibotaru'nun bir üyesi olduğunu öğrenir. Belirgin bir sebep veya diğer üyelerin kimliklerine dair ipucu

Japonya metropolünde karanlığın örtüsü altında, maskeli bir samuray beş adamı öldürür: üçü Tokyo'da, biri Osaka'da ve sonuncusu Kyoto'da. Polis, her adamın Budist heykelleri ve eserlerinin çalınmasına odaklanan ve Minomoto no Yoshitsune'nin hizmetkarları adıyla anılan bir hırsız çetesi olan Genjibotaru'nun bir üyesi olduğunu öğrenir. Belirgin bir sebep veya diğer üyelerin kimliklerine dair ipucu olmadan, dava çıkmaza girer. Ta ki Kyoto'daki bir tapınak ünlü Kogorou Mouri'yi çağırana kadar. Tuhaf bir bilmece içeren anonim bir mektup alan tapınak rahipleri, uzun süredir kayıp olan heykellerini geri almak için bilmeceyi çözmede yardım ister. Bu sırada Conan Edogawa ve lise dedektifi Heiji Hattori, gizemli bilmeceyi çözmek ve katili bulmak için bir araya gelir. Hattori ise çocukluk aşkını aramaktadır. Hattori'nin Kyoto bilgisiyle, ikili sokakları tarar ve gerçeği yavaş yavaş ortaya çıkarır. Ancak katil bir Genjibotaru üyesini daha öldürmeden ve Hattori'ye defalarca suikast girişiminde bulunduktan sonra sonunda Hattori'nin çocukluk aşkını kaçırmadan önce değil. Conan ve Hattori'nin, haydut samurayın kan dökmesini durdurmak ve Hattori'nin aşkını kurtarmak için gizlenmiş ipuçlarını gün ışığına çıkarmak için birlikte çalışmasıyla umutlanabilirler.