On beş yıl önce Pasifik'in ıssız bir köşesinde, bir yolcu gemisi bir buzdağına çarparak denizde kayboldu. Ondan uzun bir süre sonra, gemi mühendisi Hideto Yashiro trafik kazasında hayatını kaybetti. Bu olaylar arasındaki şaşırtıcı bağlantı ancak lüks gemi St. Aphrodite'nin ilk seferi sırasında ortaya çıkıyor. Gemide, çok ihtiyaç duyduğu bir tatilin tadını çıkaran Kogorou Mouri, kızı Ran, Conan Ed

On beş yıl önce Pasifik'in ıssız bir köşesinde, bir yolcu gemisi bir buzdağına çarparak denizde kayboldu. Ondan uzun bir süre sonra, gemi mühendisi Hideto Yashiro trafik kazasında hayatını kaybetti. Bu olaylar arasındaki şaşırtıcı bağlantı ancak lüks gemi St. Aphrodite'nin ilk seferi sırasında ortaya çıkıyor. Gemide, çok ihtiyaç duyduğu bir tatilin tadını çıkaran Kogorou Mouri, kızı Ran, Conan Edogawa ve Dedektif Çocuklar, Sonoko Suzuki'nin ailesinin sağladığı bir gezide bulunuyor. Ancak saklambaç oyunu Sonoko'nun ortadan kaybolmasıyla eğlenceleri kısa kesiliyor. Kısa bir süre sonra, St. Aphrodite'yi inşa eden Yashiro grubunun CEO'su bıçaklanarak öldürülmüş ve babası kayıp olarak bulunur. Polisin soruşturması çıkmaza girerken, Conan katile yaklaşıyor. Yakalanmak istemeyen katil, St. Aphrodite'yi havaya uçurarak tüm yolcuları batırmakla tehdit ediyor. Gemi gövdesi hızla suyla dolarken, intikam cinayetlerinin ardındaki gerçek nihayet ortaya çıkıyor. Kaçacak yeri olmayan Conan ve Kogorou, gemideki herkes okyanusun dibine çekilmeden önce gizemli katille mücadele etmek zorunda kalacak.