Bilinen evrenin en ucuna yapılan bir arkeoloji görevinde, Profesör Daiba istemeden kadim bir dehşeti hapishanesinden serbest bırakır. Beş yıl sonra kötü niyetli uzaylı gücü, Arcadia'nın çeşitli mürettebat üyelerini bir araya getirerek yıldızlarda bir kez daha yelken açmalarını ve Tadashi Daiba'yı Harlock ile ilk kez (tekrar) buluşturmasını sağlayacak bir planı devreye sokar.