Yıl 1999. Amamori Hajime, arkadaşlarıyla takılan ve ders çalışan sıradan bir ilkokul öğrencisidir. Ancak bir gün babasının üzerinde çalıştığı bir ekipmanı test ederken, ekipman patlar ve evi de beraberinde götürür! Yetim kalan Hajime, astronom olan amcasının yanına yerleşir. Amcasının gözlemevinde, daha önce gördüğü ve hafifçe hoşlandığı bir kızla tanışır. Adının Yukino Yayoi olduğunu ve ailesinin

Yıl 1999. Amamori Hajime, arkadaşlarıyla takılan ve ders çalışan sıradan bir ilkokul öğrencisidir. Ancak bir gün babasının üzerinde çalıştığı bir ekipmanı test ederken, ekipman patlar ve evi de beraberinde götürür! Yetim kalan Hajime, astronom olan amcasının yanına yerleşir. Amcasının gözlemevinde, daha önce gördüğü ve hafifçe hoşlandığı bir kızla tanışır. Adının Yukino Yayoi olduğunu ve ailesinin şehirde bir ramen dükkanı işlettiğini öğrenir. Ama bundan daha iyisi, Yayoi amcasının asistanıdır! Ne şans ama! Ancak Yayoi göründüğü gibi değildir. Amamori-san'a gözlemevinde yardım etmesinin bir sebebi vardır. O, gezegenlerinin yok olma ihtimaline karşı Dünya'yı hazırlamak üzere gezegeni LaMetal tarafından özel olarak seçilmiş Millennial Kraliçe'dir (Sen-Nen Joou). Bu felakete ne sebep olacaktır? LaMetal, her 1000 yılda bir Dünya'ya çok, çok yakın geçen aşırı eliptik bir yörüngeye sahiptir. Yeterince yaklaştığında, Dünya tepki verir ve her türlü doğal afete neden olur. Amacı LaMetal'i korumak olsa da, kişisel planı mümkün olduğunca çok sayıda insanı LaMetal'e tahliye ederek gezegenleri yok olsa bile hayatta kalmalarını sağlamaktır. Ancak Yayoi'nin planını durdurmaya çalışan biri vardır: Millennial Hırsızları'nın lideri. Neden Yayoi'nin planını durdurmak istiyor? Ve Millennial Kraliçe'den nasıl haberi var zaten?