Tetsurou Hoshino, annesinin katili makine adam Kont Mecha'dan intikam almak için ölümsüz bir mekanik bedene ulaşmaya kararlı bir gençtir. Ancak aradığı şeye ulaşmanın muazzam maliyeti nedeniyle, tek umudu galaksiyi dolaşan ve son durağı metal değişimlerinin ücretsiz yapıldığı bir gezegen olan Galaxy Express 999'a bir biniş bileti çalmaktır. Bir bilet çaldıktan sonra Tetsurou polis tarafından koval

Tetsurou Hoshino, annesinin katili makine adam Kont Mecha'dan intikam almak için ölümsüz bir mekanik bedene ulaşmaya kararlı bir gençtir. Ancak aradığı şeye ulaşmanın muazzam maliyeti nedeniyle, tek umudu galaksiyi dolaşan ve son durağı metal değişimlerinin ücretsiz yapıldığı bir gezegen olan Galaxy Express 999'a bir biniş bileti çalmaktır. Bir bilet çaldıktan sonra Tetsurou polis tarafından kovalanır ve annesine fazlasıyla benzeyen gizemli bir kadın olan Maetel'in kollarına yığılır. Uyandığında kadın, onunla seyahat etmeyi kabul ettiği sürece ona 999'a binmesi için izin vereceğini söyler. Teklifini kabul eden Tetsurou, Maetel ile birlikte kozmik trene biner ve galaksi boyunca bir yolculuğa başlar.