Özet

Mekanize gezegen Andromeda'nın yıkılmasına rağmen, makine imparatorluğu hala galakside ilerlemekte ve Dünya bir savaş alanına dönüşmüştür. Galaxy Express 999 trenindeki yolculuğundan dönen Tetsurou Hoshino, direnişe katılır ve insanlığını korumuş diğerleriyle birlikte savaşır. 999 Dünya'ya döndüğünde, Tetsurou eski yol arkadaşı Maetel'den onu tekrar trene binmeye çağıran gizemli bir sesli mesaj alır. Megalopolis istasyonuna doğru savaşarak ilerler ve tren tam kalkarken ona biner. Ancak bu sefer Tetsurou birkaç gizemle karşılaşır: Maetel ortada yoktur, uğursuz bir "Hayalet Tren" belirmiştir ve 999'un nihai varış noktası bilinmemektedir. Tüm bunların ortasında Tetsurou, gizemli kara şövalye Faust ile yüzleşir ve kısa süre sonra makine imparatorluğunun en karanlık sırrını keşfeder.