Efsanevi Uzay Savaş Gemisi Yamato'nun geri dönüşünden üç yıl sonra, Dünya kendini yeniden inşa etmeye başlamış ve Gamilanlar ile barış yapmıştır. Ancak bu toparlanma, yasaklanmış Dalga Hareketi teknolojisinin kullanılması pahasına gerçekleşir. Bu sırada, her biri kendi yoluna gitmiş olan Yamato'nun kötü şöhretli eski mürettebat üyeleri, gizemli Tanrıça Teresa'dan psişik bir mesaj alırlar. Teresa

Efsanevi Uzay Savaş Gemisi Yamato'nun geri dönüşünden üç yıl sonra, Dünya kendini yeniden inşa etmeye başlamış ve Gamilanlar ile barış yapmıştır. Ancak bu toparlanma, yasaklanmış Dalga Hareketi teknolojisinin kullanılması pahasına gerçekleşir. Bu sırada, her biri kendi yoluna gitmiş olan Yamato'nun kötü şöhretli eski mürettebat üyeleri, gizemli Tanrıça Teresa'dan psişik bir mesaj alırlar. Teresa onları sevgili gemilerine dönmeye ve uzak gezegen Terezart'a seyahat etmeye çağırır. Kendilerine, masum niyetlerden uzak bir şekilde Dünya'ya yaklaşan acımasız Gatlantis İmparatorluğu'nun eşi benzeri görülmemiş tehdidiyle savaşmak için devrimci bir güç vaat edilir. Onun yakarışına karşı koyamayan mürettebat yeniden bir araya gelir ve daha büyük bir düşman karşısında saf cesaretlerini ve çok yönlülüklerini sınayacak başka tehlikeli bir galaksiler arası yolculuğa yelken açar.