Tokyo, futüristik savaş jetleri tarafından ani bir istilaya uğradığında, lise öğrencisi Ayato Kamina'nın sıradan hayatı altüst olur. Kaosun ortasında, TERRA adında bir hükümet örgütünden geldiğini iddia eden Haruka Shitow adında bir kadınla karşılaşır. Kadın, Mulianlar'ın - başka bir boyuttan gelen insansılar - Tokyo'yu izole edip ele geçirme girişimiyle "Tokyo Jupiter" adlı bir zaman baloncuğu iç

Tokyo, futüristik savaş jetleri tarafından ani bir istilaya uğradığında, lise öğrencisi Ayato Kamina'nın sıradan hayatı altüst olur. Kaosun ortasında, TERRA adında bir hükümet örgütünden geldiğini iddia eden Haruka Shitow adında bir kadınla karşılaşır. Kadın, Mulianlar'ın - başka bir boyuttan gelen insansılar - Tokyo'yu izole edip ele geçirme girişimiyle "Tokyo Jupiter" adlı bir zaman baloncuğu içinde yaşadığını ortaya çıkarır. TERRA o zamandan beri şehrin etrafındaki bariyeri aşmaya çalışmaktadır. Açıklamayı kaldıramayan Ayato paniğe kapılır ve kaçar. Sınıf arkadaşı Reika Mishima ile karşılaşır ve bu kişi onu uyuyan büyük bir yumurtanın bulunduğu "Xephon Mabedi" adlı bir yere götürür. Reika şarkı söylemeye başladığında, Ayato'nun içinde bilinmeyen bir güç uyanır ve yumurtadan çıkan RahXephon adında bir varlıkla bağlantı kurmasını sağlar. Kısa bir süre sonra Haruka onu tekrar bulur ve Mulianlar'a karşı savaşma davasına katılmasını sağlamaya çalışır. Mulianlar ve TERRA'nın çatışmasının ortasında kalan Ayato, bu kaotik yeni dünyada değiştirilmiş anıları ve nihayetinde kimliğini sorgulayarak amacını sorgulamaya başlar.