Bir zamanlar, Shadow Angels olarak bilinen bir ırk, gezegende yaşayan tüm canlıların yaşam enerjisini toplamak için Dünya'ya saldırmıştı. Akıl almaz bir mucize sayesinde Shadow Angels uykuya daldı ve insanlık, onların varlığından korkmadan 12.000 yıl daha yaşayabildi. Ancak Holy Genesis lakaplı bir felaketin Dünya'yı yıkıma uğratmasından 11 yıl sonra, Shadow Angels uykularından uyandırıldı ve sald

Bir zamanlar, Shadow Angels olarak bilinen bir ırk, gezegende yaşayan tüm canlıların yaşam enerjisini toplamak için Dünya'ya saldırmıştı. Akıl almaz bir mucize sayesinde Shadow Angels uykuya daldı ve insanlık, onların varlığından korkmadan 12.000 yıl daha yaşayabildi. Ancak Holy Genesis lakaplı bir felaketin Dünya'yı yıkıma uğratmasından 11 yıl sonra, Shadow Angels uykularından uyandırıldı ve saldırılara yeniden başladı. İnsanlığa bir şans tanımak için DEAVA adında bir organizasyon kuruldu ve Aquarion adlı robotik bir silahın kullanımı onaylandı. Aquarion'u tam gücüne ulaştırmak için, üç pilotun kalplerini, bedenlerini ve ruhlarını tek bir bütün haline getirmesi gerekiyordu; bu, başarılması zor bir görevdi. Böylece, insanlığın geleceğini güvence altına alma umuduyla, sözde 'Element Kullanıcıları'nın aranması önceliklendirildi. Sousei no Aquarion, efsanevi bir kahramanın reenkarne olduğuna inanılan, sefalet içinde büyümüş, neredeyse vahşi genç bir adam olan Apollo'nun hikayesini anlatıyor. En iyi arkadaşı Shadow Angels tarafından kaçırıldıktan sonra Apollo, Aquarion pilotu olmayı seçer. Savaşın gidişatını değiştirip insanlığı sonsuza dek Shadow Angels tehdidinden kurtarabilecek mi?