Tokyo'nun dışındaki herkesin öldüğü düşünülen bir olay sırasında sevdiği kız Haruka Mishima'dan ayrılan Ayato Kamina'nın hayatı, üç yıl sonra aniden şehre saldıran istilacılarla altüst olur. İşte o zaman TERRA'nın bir ajanı olan Haruka Shitow ile tanışır ve ona dünyanın gerçeklerini anlatacağını söyler. Bu, devasa bir mecha olan RahXephon'u aktive etmesi ve annesi de dahil olmak üzere birçok insan

Tokyo'nun dışındaki herkesin öldüğü düşünülen bir olay sırasında sevdiği kız Haruka Mishima'dan ayrılan Ayato Kamina'nın hayatı, üç yıl sonra aniden şehre saldıran istilacılarla altüst olur. İşte o zaman TERRA'nın bir ajanı olan Haruka Shitow ile tanışır ve ona dünyanın gerçeklerini anlatacağını söyler. Bu, devasa bir mecha olan RahXephon'u aktive etmesi ve annesi de dahil olmak üzere birçok insanın mavi kan taşıdığını öğrenmesiyle başlayan garip olaylar zincirinin başlangıcıdır. Dahası, aslında dış dünyanınkinden daha yavaş hareket eden, kendi içine kapatılmış bir boyutta yaşadığını keşfeder.