Ayato Kamina, Tokyo dışındaki herkesin öldüğü düşünülen bir olay sırasında sevdiği kız Haruka Mishima'dan ayrılmıştı. Ancak üç yıl sonra bir gün, şehre aniden istilacılar saldırdı. İşte o zaman TERRA'nın bir ajanı olan Haruka Shitow ile tanıştı ve ona dünyanın hakkındaki gerçeği anlatacağını söyledi. Bu, devasa bir mecha olan RahXephon'u aktive etmesi, annesi de dahil olmak üzere birçok insanın ma

Ayato Kamina, Tokyo dışındaki herkesin öldüğü düşünülen bir olay sırasında sevdiği kız Haruka Mishima'dan ayrılmıştı. Ancak üç yıl sonra bir gün, şehre aniden istilacılar saldırdı. İşte o zaman TERRA'nın bir ajanı olan Haruka Shitow ile tanıştı ve ona dünyanın hakkındaki gerçeği anlatacağını söyledi. Bu, devasa bir mecha olan RahXephon'u aktive etmesi, annesi de dahil olmak üzere birçok insanın mavi kanı olduğunu öğrenmesi ve aslında dış dünyadan daha yavaş hareket eden kendi içine kapanık bir boyutta yaşadığını fark etmesi gibi bir dizi tuhaf olayın başlangıcıydı.