Sahne, Japon Denizi yakınlarında bir şehir olan Ayanagi Şehri'dir. On yıl önceki "Umutsuzluk Sendromu" felaketinden kurtulmayı gerçekleştirmek için inşa edilmiş fütüristik bir şehirdir. Lise öğrencisi Shin Kanzato, küçük kardeşi Jun ile birlikte, on yıl sonra Ayanagi Şehri Polis Şefi olan ağabeyleri Ryou ile yeniden karşılaşır. O sırada, denizaltılarındayken aniden kaybolan bir denizaltı müretteba

Sahne, Japon Denizi yakınlarında bir şehir olan Ayanagi Şehri'dir. On yıl önceki "Umutsuzluk Sendromu" felaketinden kurtulmayı gerçekleştirmek için inşa edilmiş fütüristik bir şehirdir. Lise öğrencisi Shin Kanzato, küçük kardeşi Jun ile birlikte, on yıl sonra Ayanagi Şehri Polis Şefi olan ağabeyleri Ryou ile yeniden karşılaşır. O sırada, denizaltılarındayken aniden kaybolan bir denizaltı mürettebatı, on yıl sonra dünyayı rahatsız eden ruhsuz bir belirti veya bir öğrencinin acımasız bir görünüme büründüğü ters yüz olmuş ceset vakası gibi bir dizi tuhaf olay Ayanagi Şehri'nde meydana gelir. Ryou, bir dizi olayın arkasındaki organizasyonu takip eder ve olaylara karışan Shin, "Persona"yı uyandırır.