Sonbahar mevsimi sona yaklaşırken, Strega üyesi Chidori Yoshino, Junpei Iori'yi kaçırır. Bu sırada Makoto Yuuki ve Özel Müfredat Dışı İnfaz Timi (SEES), Arcana Hanged Man'i yok eder. Kısa bir süre sonra, Ryouji Mochizuki adında gizemli bir playboy, Gekkoukan Lisesi 2-F sınıfına transfer olur. Hedeflerine ulaştıklarını varsayan SEES üyeleri, sevdikleri hayatları acımasızca çalan savaştan kurtulduk

Sonbahar mevsimi sona yaklaşırken, Strega üyesi Chidori Yoshino, Junpei Iori'yi kaçırır. Bu sırada Makoto Yuuki ve Özel Müfredat Dışı İnfaz Timi (SEES), Arcana Hanged Man'i yok eder. Kısa bir süre sonra, Ryouji Mochizuki adında gizemli bir playboy, Gekkoukan Lisesi 2-F sınıfına transfer olur. Hedeflerine ulaştıklarını varsayan SEES üyeleri, sevdikleri hayatları acımasızca çalan savaştan kurtulduklarına inanırlar. Ancak Tartarus ve Dark Hour, on ikinci Shadow'un yok edilmesinden etkilenmeden var olmaya devam eder. Bariz başarısızlıklarından dolayı perişan olan SEES, kişisel mücadeleleriyle başa çıkmalı ve kimin iyiliği için savaştıklarını keşfetmelidir. Makoto ve Junpei'nin kendini keşfetme yolculukları ilerledikçe, Ryouji'nin kimliği ve Aegis'in ona duyduğu nefretin nedeni netleşir.