Gece yarısı olduğunda, çoğu kişinin farkında olmadığı gizli bir saat olan Karanlık Saat belirir. Bu saatte tabutlarda mahsur kalmayanlar, bilinci yerinde olan şanssızlar, Gölge (Shadow) olarak bilinen tehlikeli yaratıklarla karşılaşırlar. Ancak seçilmiş az sayıda kişi, bu varlıkları yenmek için kullanılan özel bir güç olan Persona'yı kullanma potansiyeline sahiptir. Bu gizli gruba SEES (Specialize

Gece yarısı olduğunda, çoğu kişinin farkında olmadığı gizli bir saat olan Karanlık Saat belirir. Bu saatte tabutlarda mahsur kalmayanlar, bilinci yerinde olan şanssızlar, Gölge (Shadow) olarak bilinen tehlikeli yaratıklarla karşılaşırlar. Ancak seçilmiş az sayıda kişi, bu varlıkları yenmek için kullanılan özel bir güç olan Persona'yı kullanma potansiyeline sahiptir. Bu gizli gruba SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad) adı verilir ve görevleri Karanlık Saat'in ortaya çıkışının nedenini ortaya çıkarmaktır. Iwatodai Yurdu'nda yaşamaya başlayan transfer öğrenci Makoto Yuuki'nin gelişiminden kısa bir süre sonra, güçlü bir Gölge'nin saldırısı sonucu Persona'sı uyanır. Şimdi SEES'in saflarına katılan Makoto, yoldaşlarıyla birlikte savaşmaya başlar, çünkü sadece onlar insanlığı Gölge'lerden koruyabilir ve Karanlık Saat gibi bir anomaliyi önleyebilirler.