Evrensel Yıl 0096'da, çatışmaların küllerinden kırılgan bir barış doğar. On altı yaşındaki öğrenci Banagher Links, okul gezisi için Endüstriyel 7 uzay kolonisiini ziyaret eder ancak bir shuttle arızası nedeniyle tamamen mahsur kalır. Her zaman normal bir hayat yaşamış olan Banagher için savaş, her zaman tarihin uzak, neredeyse efsanevi bir parçası olmuştur; ancak dakikalar içinde, yakınlardaki Vi

Evrensel Yıl 0096'da, çatışmaların küllerinden kırılgan bir barış doğar. On altı yaşındaki öğrenci Banagher Links, okul gezisi için Endüstriyel 7 uzay kolonisiini ziyaret eder ancak bir shuttle arızası nedeniyle tamamen mahsur kalır. Her zaman normal bir hayat yaşamış olan Banagher için savaş, her zaman tarihin uzak, neredeyse efsanevi bir parçası olmuştur; ancak dakikalar içinde, yakınlardaki Vist Vakfı'nın lideri Cardeas Vist ile acilen görüşmesi gereken Audrey Burne adında bir kızı kurtardığında fantezi gerçeğe dönüşür. Kadın, dünyayı yok etme potansiyeline sahip bir nesne olan "Laplace'ın Kutusu"nu vermemesi için onu ikna etmeyi umuyor. Tarih, galaktik güçlerin Endüstriyel 7'de toplanmasıyla ilerlemeye başlar ve her biri Laplace'ın Kutusu'nun kontrolü için yarışır. Neo Zeon kalıntıları koloninin etrafında Dünya Federasyonu Kuvvetleri ile çatışırken, Cardeas son anlarında Banagher'a Kutunun anahtarını, "The Unicorn Gundam" olarak adlandırılan bir mobil zırhı verir. Patlayıcı aksiyon ve artan gerilimle dolu olan Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096, Banagher'ın inancının test edildiği ve bir asırdan fazladır uyuyan kaderinin nihayet gerçekleştiği anları konu alıyor.