Savaş kahramanları Amuro Ray gibi isimlerin fedakarlıkları sayesinde, Evrensel Yüzyıl'ın 105. yılında zor kazanılmış ama kısa süreli bir barış dönemi yaşanmaktadır. Dünya Federasyonu, gezegen ve çevresindeki uzay kolonileri üzerinde askeri bir hakimiyet kurmuştur. Char Aznable'ın ihmalkar Federasyon'a karşı başlattığı isyan nihai olarak başarısızlıkla sonuçlansa da, tüm insanlığın gerçek özgürlüğü

Savaş kahramanları Amuro Ray gibi isimlerin fedakarlıkları sayesinde, Evrensel Yüzyıl'ın 105. yılında zor kazanılmış ama kısa süreli bir barış dönemi yaşanmaktadır. Dünya Federasyonu, gezegen ve çevresindeki uzay kolonileri üzerinde askeri bir hakimiyet kurmuştur. Char Aznable'ın ihmalkar Federasyon'a karşı başlattığı isyan nihai olarak başarısızlıkla sonuçlansa da, tüm insanlığın gerçek özgürlüğüne dair devrimci felsefesi yaşamaya devam etmektedir. Ünlü bir Federasyon komutanının oğlu olmasına rağmen, Hathaway Noa hem asker Amuro Ray'in sönmez bağlılığını hem de asi lider Char Aznable'ın militan tutkusunu temsil etmektedir. Char'ın İsyanı'nın anılarıyla yaşayamayan Hathaway, Mafty olarak bilinen kendi muhalif grubunun başına geçer. Kendisine "Mafty Navue Erin" takma adını takar ve Federasyon'un artan tiranlığına karşı şiddet eylemleri gerçekleştirir. Mafty adına hareket ettiğini iddia eden bir terörist grubun bir uçağı ele geçirme girişimini engelledikten sonra, Hathaway'in gizli kimliği Gigi Andalucia adında genç bir kadın tarafından keşfedilir. Hathaway, hem Gigi hem de Federasyon albayı Kenneth Sleg ile arkadaş olur, ancak ikili hayatı onları tehlikeye atar, zira Mafty ve Federasyon arasındaki silahlı çatışma doruk noktasına ulaşır.