2199 yılında Gamilon ırkı, Dünya'yı ele geçirmek amacıyla insanlığa savaş ilan eder. Dünya'daki savaşçılar gezegeni stabil tutmak için ellerinden geleni yapsalar da, uzaylı teknolojisi çok daha gelişmiş çıkar ve sonuçta meydana gelen yıkım, Dünya yüzeyini tamamen yaşanmaz hale getirir. Yeraltı sığınakları da zayıflamaktadır ve bir şey değişmezse, insanlar bir yıldan kısa bir süre içinde yok olacak

2199 yılında Gamilon ırkı, Dünya'yı ele geçirmek amacıyla insanlığa savaş ilan eder. Dünya'daki savaşçılar gezegeni stabil tutmak için ellerinden geleni yapsalar da, uzaylı teknolojisi çok daha gelişmiş çıkar ve sonuçta meydana gelen yıkım, Dünya yüzeyini tamamen yaşanmaz hale getirir. Yeraltı sığınakları da zayıflamaktadır ve bir şey değişmezse, insanlar bir yıldan kısa bir süre içinde yok olacaktır. Ancak her şey kaybedilmiş gibi görünürken, Iscandar gezegeninden Kraliçe Starsha yardım eli uzatır. Zaferin anahtarı, Dünya'nın muzdarip olduğu radyasyonu ortadan kaldırabilen Cosmo-Cleaner D'de yatmaktadır. Ancak bu hayat kurtaran cihaza sahip olmanın tek yolu, birinin Dünya'dan Iscandar'a—148.000 ışık yılı uzaklıkta—gidip onu almasıdır. Sorun şu ki, süre dolmadan bir yıldan az zamanları var. Tüm insanlığın kaderi, kurtarılan II. Dünya Savaşı gemisi Space Battleship Yamato'nun mürettebatının ellerindedir.