2201 yılında, Yamato'nun Dünya'yı radyoaktif kirlilikten kurtarmasından bir yıl sonra yeni bir tehdit ortaya çıkar. Yamato, Dünya'yı bu yeni tehditten kurtarmak için son yolculuğuna çıkar. Dünya, Gamilus ile olan savaştan neredeyse kurtulmuş ve yeniden yapılanma diğer gezegenlere kadar yayılmıştır. Eski Yamato mürettebatı, Dünya'ya doğru ilerleyen beyaz bir kuyrukluyıldızdan geliyormuş gibi görün

2201 yılında, Yamato'nun Dünya'yı radyoaktif kirlilikten kurtarmasından bir yıl sonra yeni bir tehdit ortaya çıkar. Yamato, Dünya'yı bu yeni tehditten kurtarmak için son yolculuğuna çıkar. Dünya, Gamilus ile olan savaştan neredeyse kurtulmuş ve yeniden yapılanma diğer gezegenlere kadar yayılmıştır. Eski Yamato mürettebatı, Dünya'ya doğru ilerleyen beyaz bir kuyrukluyıldızdan geliyormuş gibi görünen garip, anlaşılmaz bir mesaj keşfettiğinde, eski uzay kalelerini ele geçirirler ve yeni bir savaşa başlarlar.