Jewel Seed olayından bu yana birkaç ay geçti ve Nanoha Takamachi, İdari Bürodaki yargılamasından Fate Testarossa'yı geri ağırlamaya hazırlanıyor. Krizi önlemedeki rolü nedeniyle koşullu olarak affedilen Fate, Nanoha ile birlikte okula gitmesine izin verildi. Ancak, iki kız günlük hayatlarına birlikte alışmaya fırsat bulamadan, karanlık büyücülerden oluşan bir grup aniden üzerlerine çöküyor. Bilmed

Jewel Seed olayından bu yana birkaç ay geçti ve Nanoha Takamachi, İdari Bürodaki yargılamasından Fate Testarossa'yı geri ağırlamaya hazırlanıyor. Krizi önlemedeki rolü nedeniyle koşullu olarak affedilen Fate, Nanoha ile birlikte okula gitmesine izin verildi. Ancak, iki kız günlük hayatlarına birlikte alışmaya fırsat bulamadan, karanlık büyücülerden oluşan bir grup aniden üzerlerine çöküyor. Bilmedikleri saldırganlar tarafından alt edilen Nanoha ve Fate'in mana'ları uğursuz bir büyü kitabı tarafından emiliyor ve Raising Heart ile Bardiche'in her ikisi de bu süreçte hasar görüyor. Bu pusunun arkasındaki grup Wolkenritter olarak biliniyor ve dört üyesi—Vita, Signum, Shamal ve familiar Zafila—Karanlık Kitabı tarafından iğrenç emirlerini yerine getirmek için çağrıldı. Kitabın şu anki sahibi, gerçek doğasından habersiz genç kız Hayate Yagami iken, Wolkenritter, zorla çalınan mana ile gücünü şarj ederek, kitabın tamamlanmasını bulmakla görevlidir. Güçleri tükenmiş ve silahsız kalan Nanoha ve Fate, Wolkenritter ile yüzleşmek ve güçlerini geri kazanmak için zamanla yarışmak zorunda kalacaklar; amaçları, dörtlü grubun Karanlık Kitabı'nı bitirmesini ve yıkıcı büyüsünü dünyaya salmasını engellemektir.