Hakuouki'nin sona ermesinin ardından Chizuru Yukimura ve Shinsengumi, Kyoto'dan kaçmak ve Edo'ya yelken açmak zorunda kalır. Komutanları Isami Kondou'nun yokluğunda, komutan yardımcısı Toshizou Hijikata vekaleten komutanlığı üstlenir. Ancak Hijikata, etrafındaki herkesi endişelendiren ekstra liderlik görevleriyle boğuşmakla kalmaz, aynı zamanda yeni keşfettiği kontrol edilemeyen bir kana susamışlı

Hakuouki'nin sona ermesinin ardından Chizuru Yukimura ve Shinsengumi, Kyoto'dan kaçmak ve Edo'ya yelken açmak zorunda kalır. Komutanları Isami Kondou'nun yokluğunda, komutan yardımcısı Toshizou Hijikata vekaleten komutanlığı üstlenir. Ancak Hijikata, etrafındaki herkesi endişelendiren ekstra liderlik görevleriyle boğuşmakla kalmaz, aynı zamanda yeni keşfettiği kontrol edilemeyen bir kana susamışlıkla da mücadele eder. İşleri daha da kötüleştirmek için, bu dürtü onu tek başına etkilemekle kalmaz, hatta astlarından bazılarını çıldırtmaya başlar. Sonunda Kondou, imparatordan kaleyi savunma emriyle ve birlikleri için yeni bir isimle döner: Kouyou Chinbutai. Ancak savaşta güç dengesi aniden değişebilir ve sadakatler sarsılabilir. Hakuouki Hekketsuroku'da Chizuru, Shinsengumi'yi savaşın kalbine kadar takip eder ve eksik babasını aramaya devam ederken, onunla Hijikata arasındaki bağ giderek güçlenir.