Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi, Bagramon ve ekibinin yenilgisinden bir yıl sonra geçmektedir. O zamandan beri Taiki Kudou ve Yuu Amano, Yuu'nun sınıf arkadaşı Tagiru Akashi ile bir basketbol takımı kurmuştur. Bir gün Tagiru, insan ve dijital dünyalar arasında var olan garip ve kararsız bir diyar olan DigiQuartz'u keşfeder. Ardından dünyanın dört bir yanındaki çocukların Xro

Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi, Bagramon ve ekibinin yenilgisinden bir yıl sonra geçmektedir. O zamandan beri Taiki Kudou ve Yuu Amano, Yuu'nun sınıf arkadaşı Tagiru Akashi ile bir basketbol takımı kurmuştur. Bir gün Tagiru, insan ve dijital dünyalar arasında var olan garip ve kararsız bir diyar olan DigiQuartz'u keşfeder. Ardından dünyanın dört bir yanındaki çocukların Xros Loader'lar ve 'Digimon Hunt' adlı bir yarışmaya katılmak için Digimon ortakları edindiğini fark eder. Dijital dünyadan DigiQuartz'a sızan Digimon'lar, insan dünyasından sızan olumsuz duygularla beslenebilirler. Bu durum, Digimon'ları aşırı derecede şiddetli olmaları pahasına daha da güçlendirir. Sonuç olarak Digimon Avcıları, bu Digimon'ların insan dünyasında yıkıma yol açmasını engellemek için çalışmalıdır. Başı dertte olan Gumdramon'a katılan Tagiru, Taiki ve Yuu'nun önceki Digimon bağlantılarından habersiz bir şekilde en iyi Digimon Avcısı olmayı hedefler. Ancak DigiQuartz'un yaratılışıyla gizemli bir güç pusuda beklemektedir ve genç Avcılar kısa süre sonra Digimon Avı'nın basit bir oyundan çok daha fazlası olduğunu fark edeceklerdir...