Taichi Yagami ve arkadaşları ortaokula geçmiş olsalar da, bu zamana kadar Digimon partnerleriyle olan bağlarını koparmışlardır. Bu yüzden Taichi, Digital World'den gelen bir yardım çağrısı karşısında büyük bir sürpriz yaşar. Oraya vardığında, Digimonların gizemli Digimon İmparatoru'ndan korkarak yaşadıklarını öğrenir; İmparator, bir şekilde onların Digivolve olma yeteneklerini bastırmaktadır! Ger

Taichi Yagami ve arkadaşları ortaokula geçmiş olsalar da, bu zamana kadar Digimon partnerleriyle olan bağlarını koparmışlardır. Bu yüzden Taichi, Digital World'den gelen bir yardım çağrısı karşısında büyük bir sürpriz yaşar. Oraya vardığında, Digimonların gizemli Digimon İmparatoru'ndan korkarak yaşadıklarını öğrenir; İmparator, bir şekilde onların Digivolve olma yeteneklerini bastırmaktadır! Gerçek dünyada, Hikari Yagami ve Takeru Takaishi aynı beşinci sınıf sınıfında yeniden bir araya gelirler. Üç okul arkadaşını paylaşırlar: Her ikisine de Taichi'yi hatırlatan Daisuke Motomiya, bir teknoloji dehası Miyako Inoue ve Miyako'nun komşusu Iori Hida. Bu üç çocuk "D-3" Digivice'larını aldıklarında, orijinal Digivice'larına hala sahip olan Hikari ve Takeru ile birlikte, dünyayı bir kez daha kurtarmak zorunda olan yeni nesil "Seçilmiş Çocuklar"ı oluştururlar. Zırhlı Digi-Egg'lerin gücüyle, Digimon İmparatoru'nun tüm Digital World'e nüfuz etme planlarını engellemek zorundalar.