Mikoto Misaka ve arkadaşları, Akademi Şehri'ndeki söylentileri araştırmak için geri döndüler. Kısa süre sonra Mikoto korkunç bir şey keşfeder: Şehirde binlerce esperin öldürüldüğü korkunç deneyler yapılıyor. Dahası, bu esperler sıradan insanlardan çok uzaktalar: Mikoto'nun kendisinin klonlarıdır. Onların muamelesinden sorumlu hisseden Mikoto, deneylere son vermek için yola çıkar; ancak ona karşı ç

Mikoto Misaka ve arkadaşları, Akademi Şehri'ndeki söylentileri araştırmak için geri döndüler. Kısa süre sonra Mikoto korkunç bir şey keşfeder: Şehirde binlerce esperin öldürüldüğü korkunç deneyler yapılıyor. Dahası, bu esperler sıradan insanlardan çok uzaktalar: Mikoto'nun kendisinin klonlarıdır. Onların muamelesinden sorumlu hisseden Mikoto, deneylere son vermek için yola çıkar; ancak ona karşı çıkan güçler, tahmin ettiğinden çok daha tehlikelidir ve Mikoto kendini hayal edilebilecek en güçlü esperlerden bazılarıyla karşı karşıya bulur. Toaru Kagaku no Railgun S, Railgun'ın, kendi sebep olduğuna inandığı insanlık dışı deneylere son vermek için umutsuzca savaştığı ve bu süreçte hayatının derin bir umutsuzluğa sürüklendiği hikayesini sürdürüyor. Akademi Şehri'nde asla sıkıcı bir an olmaz, ancak hiçbir zaman hiçbiri keyifli olmayacağı söylenmemiştir.