1600 yılı, sislerin kapladığı Sekigahara muharebesi alanında, iki örnek kılıç ustası arasında şiddetli bir savaş verildi. Biri, Mibu Klanı'nın eşsiz güçlerine sahip yetenekli ve asil bir savaşçı olan Kyoushirou Mibu idi. Diğeri ise bin kişiyi öldüren, gözleri ve saçları kan renginde olan "Şeytan Gözler" Kyou idi. Efsanevi çatışmaları, göklerden gelen bir meteorun o savaş alanına düşmesiyle aniden

1600 yılı, sislerin kapladığı Sekigahara muharebesi alanında, iki örnek kılıç ustası arasında şiddetli bir savaş verildi. Biri, Mibu Klanı'nın eşsiz güçlerine sahip yetenekli ve asil bir savaşçı olan Kyoushirou Mibu idi. Diğeri ise bin kişiyi öldüren, gözleri ve saçları kan renginde olan "Şeytan Gözler" Kyou idi. Efsanevi çatışmaları, göklerden gelen bir meteorun o savaş alanına düşmesiyle aniden sona erdi ve ikisi de ardında kayboldu. Samurai Deeper Kyou, o savaştan dört yıl sonra, Yuya Shiina adında silah taşıyan bir ödül avcısının, şimdi büyük bir borcu olan sapık, gezgin bir şifacıya dönüşmüş Kyoushirou'yu avlamasıyla başlar. Onun ödülünü almak üzereyken, Kyoushirou'yu yutmak isteyen insanlık dışı bir canavar tarafından saldırıya uğrarlar. Bu karşılaşma, o kader gecesi savaştan beri Kyoushirou'nun bedenine hapsolmuş olan "Şeytan Gözler" Kyou'yu uyandırır. Böylece efsanevi iki kılıç ustasının büyük bir öyküsü ve sırlarının keşfi başlar.