Bahar yaz mevsimine dönerken, Makoto Yuuki Özel Okul Dışı İcra Timi (SEES) ile birlikte kalır. Ekip, irili ufaklı Gölge'leri yenmeye devam etse de, yeni bir düşmanla karşı karşıya gelir: Karanlık Saat'i kendi çıkarları için kullanmak isteyen asi Persona kullanıcılarından oluşan bir grup olan Strega. Görünüşe göre Strega, Karanlık Saat'in gerçek doğasına dair bir ipucu taşıyor olabilir. SEES, Yaku

Bahar yaz mevsimine dönerken, Makoto Yuuki Özel Okul Dışı İcra Timi (SEES) ile birlikte kalır. Ekip, irili ufaklı Gölge'leri yenmeye devam etse de, yeni bir düşmanla karşı karşıya gelir: Karanlık Saat'i kendi çıkarları için kullanmak isteyen asi Persona kullanıcılarından oluşan bir grup olan Strega. Görünüşe göre Strega, Karanlık Saat'in gerçek doğasına dair bir ipucu taşıyor olabilir. SEES, Yakushima'da yaz tatilinin tadını çıkarırken, onlara Gölge'leri yok etmek için tasarlanmış hafızasını kaybetmiş bir android olan Aegis katılır. Kendisini güçlü bir müttefik olarak kanıtlasa da, açıklanamaz bir şekilde Makoto'ya çekilir ve sürekli yanında kalır. Karanlık Saat'in gizemlerini daha derine indikçe, bu ikisini birbirine bağlayan gizemli bağın doğası yavaş yavaş ortaya çıkar. [MAL Rewrite tarafından yazılmıştır]