Hikayenin başlangıcından yirmi yıl önce, Dünya'ya doğru ilerleyen bir asteroid, Plüton'u yok eder. Plüton'un yok olması nedeniyle, Thanatos adı verilen asteroid geçici olarak durağanlaşır. Şimdi, Dünya'nın yaklaşan yok oluşundan kaçınmak için Uluslararası Güneş Sistemi Geliştirme Ajansı (ISDA), "D-Project" üzerinde çalışır ve okyanusun altında bir ejderha yumurtası bularak "Dragonaut"u yaratır. Bu

Hikayenin başlangıcından yirmi yıl önce, Dünya'ya doğru ilerleyen bir asteroid, Plüton'u yok eder. Plüton'un yok olması nedeniyle, Thanatos adı verilen asteroid geçici olarak durağanlaşır. Şimdi, Dünya'nın yaklaşan yok oluşundan kaçınmak için Uluslararası Güneş Sistemi Geliştirme Ajansı (ISDA), "D-Project" üzerinde çalışır ve okyanusun altında bir ejderha yumurtası bularak "Dragonaut"u yaratır. Bu silahın asıl amacı, zamanı geldiğinde asteroidi yok etmektir. Ancak, kısa sürede asteroidin tek tehditleri olmadığını fark ederler, çünkü Dünya'da yıkım peşinde olan güçlü ejderha benzeri yaratıklar ortaya çıkar. Yaratıklardan birinin işlediği bir cinayete tanık olduktan sonra, iki yıl önce bir mekik kazasında ailesini kaybetmiş yalnız bir 18 yaşındaki çocuk olan Jin Kamishina, ejderhaların gizemlerine karışır ve Dragonaut'un seçilmiş pilotu olur. Yolculuğunda ona, yaratık saldırısı sonrası ölümden düşmekten kurtaran gizemli bir kız olan Toa yardım eder. Ejderhaların gizemlerine daha derinlemesine daldıkça, yeni dostlar ve düşmanlarla karşılaşırlar ve ayrıca daha yakın bir ilişki geliştirmeye başlarlar.