İnsanlığın gelecekte diğer gezegenlere yayıldığı ve koloniler kurduğu bir dönemde, Victim adlı uzaylı bir tür insan kolonilerine saldırarak geriye sadece Zion gezegenini bırakır. Victim'ın son gezegeni yok etmesini durdurmak amacıyla, Zion kolonilerinden çocukları toplayıp onları Zion'u koruyan beş savaş robotu olan Ingrids, namıdiğer The Goddesses'ın pilotları olarak eğitmek için GOA adında bir e

İnsanlığın gelecekte diğer gezegenlere yayıldığı ve koloniler kurduğu bir dönemde, Victim adlı uzaylı bir tür insan kolonilerine saldırarak geriye sadece Zion gezegenini bırakır. Victim'ın son gezegeni yok etmesini durdurmak amacıyla, Zion kolonilerinden çocukları toplayıp onları Zion'u koruyan beş savaş robotu olan Ingrids, namıdiğer The Goddesses'ın pilotları olarak eğitmek için GOA adında bir eğitim okulu kurulur. Çocukların nadir bir kan grubuna, EO'ya ve özel bir yeteneğe, yani EX'e sahip olması gerekmektedir. GOA'ya yeni gelen ve 88 numaralı aday olan Zero, Ingrid Eeva-Leena'nın kokpitine düştüğünde işler karışır. Pilot ve Ingrid arasındaki senkronizasyonun oldukça hassas olması nedeniyle, herkes Tanrıça'nın Zero ile senkronize olmaya çalışırken onu öldüreceğine inanmaktadır. Zero bayılmadan hemen önce Tanrıça ile tam bir senkronizasyon kurar. Olay hakkında daha fazla bilgi edinmeye çalışmadan pilot eğitimi başlar.