Zi Gezegeni'nin ücra bir çölünde, Van adında bir çocuk terk edilmiş, harap bir tesis keşfeder. İçeride, kendi kendine kırılan opak bir koza bulur ve kabuktan "Organoid" olarak bilinen dinozor benzeri bir robot çıkar. Van bu yaratığa Zeke adını verir ve kendine mal eder, ancak Organoid'i ele geçirmek için bir grup haydut peşine düşer. Haydutlar, savaş için kullanılan canavar benzeri mekanik birimle

Zi Gezegeni'nin ücra bir çölünde, Van adında bir çocuk terk edilmiş, harap bir tesis keşfeder. İçeride, kendi kendine kırılan opak bir koza bulur ve kabuktan "Organoid" olarak bilinen dinozor benzeri bir robot çıkar. Van bu yaratığa Zeke adını verir ve kendine mal eder, ancak Organoid'i ele geçirmek için bir grup haydut peşine düşer. Haydutlar, savaş için kullanılan canavar benzeri mekanik birimler olan "Zoids" ile donatılmıştır. Van, "Shield Liger" olarak adlandırılan eski bir Zoid'i canlandırıp onunla birleşerek takipçilerini savuşturmayı başarır. Van, Zeke ile birlikte tesise döner ve yeni bir koza bulur. Başka bir Organoid elde etmiş olabileceği için çok heyecanlanır, ancak koza kırıldığında içinden bunun yerine bir kız çıkar. Kökenlerinden habersiz olan kızın tek hatırladığı, adının Fiona olduğu ve "Zoid Eve" adlı bir nesneyi bulması gerektiğidir. Varlığının ardındaki gizemi çözmeye kararlı olan Fiona, Zoid Eve'in gerçekte ne olduğunu ortaya çıkarmak için Van ve Zeke ile birlikte maceraya atılır. Üçlü, maceralarında birçok dost ve düşmanla karşılaşır, çeşitli tehlikelerle yüzleşir ve yolculukları sırasında neşeli anlar yaşarlar.