Jack Atlas ve Crow Hogan ile birlikte seyahat eden Yuusei Fudou'nun Stardust Dragon'u, gelecekten gelen gizemli bir Turbo Düellocu olan Paradox tarafından bir Turbo Düello sırasında yakalanır ve bir Sin Monster'a dönüştürülür. Crimson Dragon'un yardımıyla Yuusei, Paradox'u bir zaman kaymasına girerken takip eder ve geçmişte bulur. Bu sırada Paradox, hala Yubel ve The Supreme King'in güçlerini kull

Jack Atlas ve Crow Hogan ile birlikte seyahat eden Yuusei Fudou'nun Stardust Dragon'u, gelecekten gelen gizemli bir Turbo Düellocu olan Paradox tarafından bir Turbo Düello sırasında yakalanır ve bir Sin Monster'a dönüştürülür. Crimson Dragon'un yardımıyla Yuusei, Paradox'u bir zaman kaymasına girerken takip eder ve geçmişte bulur. Bu sırada Paradox, hala Yubel ve The Supreme King'in güçlerini kullanabilen Jaden Yuki ile düello yapar. Ancak bu zamana kadar Paradox, Cyber End Dragon ve Rainbow Dragon'u da yakalamıştır ve Jaden'ı alt eder. Yuusei ve Crimson Dragon sayesinde kurtulur. Jaden, Yuusei'ye Paradox'un gerçek niyetlerini açıklar. Zamanın çeşitli yerlerinden çeşitli canavarları çalıp onları karanlığa çevirerek, Duel Monsters'ın yaratıcısı Maximillion Pegasus'u öldürmeyi, oyunun yaratılmasını engellemeyi ve üç serinin de olaylarının hiç yaşanmamasını sağlamayı planlamaktadır. Yuusei ve Jaden, Paradox'un peşinden gitmeyi kabul ederler, bu da onları geçmişe götürür ve Oyunların Kralı Yuugi Mutou ile bir karşılaşmaya neden olur. Ancak Yuusei ve Jaden vardığında, Paradox zaten zamanına saldırmış, hem Pegasus'u hem de Yuugi'nin dedesini öldürmüş ve Blue-Eyes White Dragon ile Red-Eyes Black Dragon'u da çalmayı başarmıştır. Her şeyi Yuugi'ye açıkladıktan sonra, tuzağa düşen canavarları serbest bırakmak ve dünya ile zamanı kurtarmak için Paradox'a karşı üç-bir-üçlük nihai düelloda Yuusei ve Jaden ile birlikte savaşmayı kabul eder.