Dördüncü filmin olaylarından sonra geçen seri, etrafındaki doğaüstü hiçbir şeye inanmayan 11 yaşındaki Keisuke Amano'nun, Natsume'nin erkek kardeşinin hayatına odaklanıyor (her ikisi de orijinal Youkai Watch animesindeki Keita Amano ve Fumika Kodama'nın çocuklarıdır). Ancak ablasının sık sık eve geç geldiğini fark edince onu gizlice takip etmeye karar verir, ancak ablasının arkadaşları Touma ve Ak

Dördüncü filmin olaylarından sonra geçen seri, etrafındaki doğaüstü hiçbir şeye inanmayan 11 yaşındaki Keisuke Amano'nun, Natsume'nin erkek kardeşinin hayatına odaklanıyor (her ikisi de orijinal Youkai Watch animesindeki Keita Amano ve Fumika Kodama'nın çocuklarıdır). Ancak ablasının sık sık eve geç geldiğini fark edince onu gizlice takip etmeye karar verir, ancak ablasının arkadaşları Touma ve Akinori ile birlikte kötü Youkai'leri kovarken ve bir Yo-Kai dedektiflik bürosu işletirken görevlerini yerine getirdiğini öğrenir. Sırrı ona açıklandıktan sonra Natsume, şehirdeki barışı korumak için Youkai suçlarını araştırırken ve kötü Youkai'lerle mücadele ederken ona da bu faaliyetlerine katılma izni verir.