Serinin bitiminden üç yıl geçti. Ryo, NASA'da büyük bir roket projesinde mühendis olarak çalışıyor. Borgman yoldaşı ve sevgilisi Anise ise bir restoranda hamburgerciliğe indirgenmiş durumda. Bu yüzden, Japonya'daki büyük, teknolojik bir projeden profesyonel bir iş teklifi aldığında bu fırsatı tabii ki kaçırmıyor. Ancak Ryo her zamanki gibi kararsız ve Anise bu yüzden onsuz Japonya'ya gidiyor. Üçü

Serinin bitiminden üç yıl geçti. Ryo, NASA'da büyük bir roket projesinde mühendis olarak çalışıyor. Borgman yoldaşı ve sevgilisi Anise ise bir restoranda hamburgerciliğe indirgenmiş durumda. Bu yüzden, Japonya'daki büyük, teknolojik bir projeden profesyonel bir iş teklifi aldığında bu fırsatı tabii ki kaçırmıyor. Ancak Ryo her zamanki gibi kararsız ve Anise bu yüzden onsuz Japonya'ya gidiyor. Üçüncü Borgman olan Chuck Sweager, kız arkadaşı Miki ile birlikte polis memurudur. Birkaç siborg arasındaki bir kavgaya tanık olduğunda, tek yaşayan siborgların Ryo, Anise ve kendisi olduğunu söyleyerek düz bir şekilde bunun mümkün olmadığını belirten Chuck'a durumu anlatır. Ancak onu ikna eder ve olayı araştırırlar. Anise yeni işine gelir ve akşam yemeğinde buluştuklarında durumu ona açıklarlar. Anise, bu yeni siborgların kaynağı olduğuna inandıkları Heaven's Gate projesinin etrafında gizlice dolaşmayı teklif eder. Bu sırada Ryo, kız arkadaşının peşinden Japonya'ya doğru yola çıkar. Ona, Borgman Projesi'nin hayatta kalan iki araştırmacısından biri olan ve soruşturmaya yardımcı olmak üzere Tokyo Polisi önüne çıkması istenen Hussan eşlik ediyor. Tüm oyuncu kadrosu Japonya'ya geldiğinde işler karışmaya başlar.