Özet

Bir Japon balığı evinden kaçar ve bir denizanasının sırtında sürüklenir. Bir cam kavanoza sıkıştıktan sonra, kıyıya sürüklenir ve orada, babası Koichi bir balıkçı teknesinde çalışırken deniz kenarında bir evde annesi Lisa ile yaşayan beş yaşındaki bir çocuk olan Sousuke tarafından kurtarılır. Sousuke'un parmağındaki kesiği yalayarak iyileştirdikten sonra, Japon balığı yeni arkadaşı tarafından Ponyo olarak adlandırılır. Sousuke'un bilmediği gibi, Ponyo'nun zaten bir adı ve bir ailesi vardır. Babası Fujimoto, insanlıktan vazgeçip su altında yaşamayı seçen bir sihirbazdır ve kızını, yani Brunhilde'yi çılgınca aramaktadır. Bulunduğunda ve yakalandığında, Ponyo kendi doğum adını reddeder ve bir insan olmak istediğini ilan eder. Sousuke'un kanından aldığı gücü kullanarak kollar ve bacaklar geliştirir ve bir kez daha yüzeye kaçar. Ancak okyanusa salınan sihir doğada bir dengesizlik yaratır, Ay yörüngeden çıkmaya başlar ve gelgitler tehlikeli derecede güçlenir. Ponyo ile yeniden bir araya gelen Sousuke, dünyadaki düzeni yeniden sağlamak ve yoldaşının bir insan olarak yaşamasına izin vermek için kadim bir sınavı geçmek zorundadır.