Takashi Natsume ve ruh arkadaşı, "Nyanko" lakaplı Madara, büyükannesi Reiko Natsume'nin verdiği Dostlar Kitabı'ndaki ruhların isimlerini geri vermeye devam ediyor. Bir gün okuldan dönerken Takashi, adını duyunca Takashi'nin büyükannesinin anılarını hatırlayan Monmonbou adında gizlenen bir ruhla karşılaşır. Takashi'nin doğal merakı onu, büyükannesinin eskiden yaşadığı gizemli bir kasabayı keşfetme

Takashi Natsume ve ruh arkadaşı, "Nyanko" lakaplı Madara, büyükannesi Reiko Natsume'nin verdiği Dostlar Kitabı'ndaki ruhların isimlerini geri vermeye devam ediyor. Bir gün okuldan dönerken Takashi, adını duyunca Takashi'nin büyükannesinin anılarını hatırlayan Monmonbou adında gizlenen bir ruhla karşılaşır. Takashi'nin doğal merakı onu, büyükannesinin eskiden yaşadığı gizemli bir kasabayı keşfetmeye yönlendirir. Büyükannesinin eski bir tanıdığı Yorie Tsumura ve Yorie'nin oğlu Mukuo ile arkadaş olan Takashi, büyükannesinin geçmişi hakkında daha fazla bilgi edinir. Bu sırada Nyanko, yiyecek için sapar ve geceleyin mucizevi bir şekilde meyve ağacına dönüşen şüpheli bir "Ruh Tohumu" ile karşılaşır. Ayartmaya yenik düşen Nyanko meyveyi tüketir ve üçe bölünür. Nyanko'nun çıkmazına bir çözüm arayan Takashi ve arkadaşları yardım ederler ve bu süreçte kasabanın sakladığı daha fazla sırrı beklenmedik bir şekilde ortaya çıkarırlar.