My-Otome Zwei, My-Otome'deki olaylardan bir yıl sonrasında geçmektedir. Arika artık tam teşekküllü bir Otome'dir (hâlâ Bayan Maria'nın gözetimi altında olsa da) ve Nagi, Aries'te bir hapishanede tutulmaktadır. Çeşitli uluslar birbiriyle barış halindedir ve Otome sayısını sınırlamayı tartışmak için S.O.L.T. (Stratejik Otome Sınırlandırma Görüşmeleri) düzenlemeyi planlamaktadırlar. Earl ile çarpışm

My-Otome Zwei, My-Otome'deki olaylardan bir yıl sonrasında geçmektedir. Arika artık tam teşekküllü bir Otome'dir (hâlâ Bayan Maria'nın gözetimi altında olsa da) ve Nagi, Aries'te bir hapishanede tutulmaktadır. Çeşitli uluslar birbiriyle barış halindedir ve Otome sayısını sınırlamayı tartışmak için S.O.L.T. (Stratejik Otome Sınırlandırma Görüşmeleri) düzenlemeyi planlamaktadırlar. Earl ile çarpışmakla tehdit eden bir meteorun yok edilmesi görevi, Garderobe ve birkaç Otome'ye saldıran gizemli bir gölge figür ve gezegenin dört bir yanında ortaya çıkan Slave'ın yeni, daha güçlü bir versiyonuyla sonuçlanan bir olaylar zincirini başlatır. Durumu daha da kötüleştiren ise Kraliçe Mashiro'nun Arika ile yaşadığı bir tartışmanın ardından ortadan kaybolmasıdır. Dizi, Arika'nın Mashiro'yu arayışını ve Garderobe'nin gölge figürün ardındaki gerçeği ortaya çıkarma çabalarını konu almaktadır.