Medaka Kurokami ve Öğrenci Konseyi karşısında Myouri Unzen'in yenilgisinin ardından Hakoniwa Akademisi'ne barış geri dönmüştür—en azından kısa bir süreliğine. Yakında Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune ve Mogana Kikaijima, okul müdürünün bizzat yönettiği "Flask Planı" olarak bilinen başka bir uğursuz planın içine çekilirler. Ancak konseyin ilk problemi, kendini "Thirteen Party" olarak adland

Medaka Kurokami ve Öğrenci Konseyi karşısında Myouri Unzen'in yenilgisinin ardından Hakoniwa Akademisi'ne barış geri dönmüştür—en azından kısa bir süreliğine. Yakında Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune ve Mogana Kikaijima, okul müdürünün bizzat yönettiği "Flask Planı" olarak bilinen başka bir uğursuz planın içine çekilirler. Ancak konseyin ilk problemi, kendini "Thirteen Party" olarak adlandıran ve narsist ama güçlü Oudo Miyakonojou'nun liderliğindeki yepyeni bir süper insan öğrenci grubuyla başa çıkmaktır. Gizemli Flask Planı, Oudo'nun tiranlığı ve eski bir düşmanın yeniden ortaya çıkmasıyla Hakoniwa Akademisi'nin durumu huzurlu olmaktan çok uzaktır ve işler daha da tuhaflaştıkça Medaka ve yoldaşlarının elleri dolu olacaktır.