Aya Asagiri her gün intihar etmeyi düşünüyor. Okulda acımasızca zorbalığa uğruyor ve evde abisi Kaname, babasının ona uyguladığı akademik baskıyı hafifletmek için fiziksel şiddet uyguluyor. Bir gece, ölüm için dua ederek uyanık yatarken, dizüstü bilgisayarında ona sihirli güçler vaat eden Gizemli Kız Site adlı gizemli bir web sitesi beliriyor. Başlangıçta bunu ürkütücü bir şaka olarak reddediyor,

Aya Asagiri her gün intihar etmeyi düşünüyor. Okulda acımasızca zorbalığa uğruyor ve evde abisi Kaname, babasının ona uyguladığı akademik baskıyı hafifletmek için fiziksel şiddet uyguluyor. Bir gece, ölüm için dua ederek uyanık yatarken, dizüstü bilgisayarında ona sihirli güçler vaat eden Gizemli Kız Site adlı gizemli bir web sitesi beliriyor. Başlangıçta bunu ürkütücü bir şaka olarak reddediyor, ancak ertesi gün ayakkabı dolabında sihirli bir silah bulduğunda neye inanacağını bilemiyor. Silahı yanına almaya karar veriyor ve kısa süre sonra zorbalarıyla tekrar karşılaşıyor. Ama bu sefer, onu kurtaracak herhangi bir şeye çaresizce sarılarak, silahı kullanıyor ve saldırganları yakındaki bir demiryolu geçidine ışınlanıyor, orada da tren çarpıyor. Aya'nın vicdanı, büyülerle iki sınıf arkadaşını öldürmesi gerçeğiyle başa çıkamıyor ve durumu anlamaya çaresizce çalışıyor. Ancak, tekrar başı derde girdiğinde, zamanı durdurabilen büyü kullanabilen bir sınıf arkadaşı olan Tsuyuno Yatsumura tarafından kurtarılıyor. Bu ikilinin yapacak çok şeyi var: sadece diğer sihirli kızlarla birlikte ve onlara karşı savaşmakla kalmayıp, aynı zamanda web sitesinin arkasındaki gerçeği ve yakında gerçekleşecek olan "Fırtına" olarak bilinen kıyamet benzeri olayı da ortaya çıkarmaları gerekiyor.