Film, Fuyuki Hinata ve Keroro Timi'nin Peru'nun dağ zirvesi şehri Machu Picchu'daki terk edilmiş bir tapınağı keşfetmesiyle başlar. Keşif sırasında Keroro kazara bir tuzağı tetikler ve şans eseri ortasında anahtar bulunan bir kaidenin üzerinde büyük mavi bir kristalin olduğu gizli bir oda bulurlar. Keroro anahtara yaslanır, bu da odanın gizemli bir makineyi aktive etmesine neden olur, bu da tüm ta

Film, Fuyuki Hinata ve Keroro Timi'nin Peru'nun dağ zirvesi şehri Machu Picchu'daki terk edilmiş bir tapınağı keşfetmesiyle başlar. Keşif sırasında Keroro kazara bir tuzağı tetikler ve şans eseri ortasında anahtar bulunan bir kaidenin üzerinde büyük mavi bir kristalin olduğu gizli bir oda bulurlar. Keroro anahtara yaslanır, bu da odanın gizemli bir makineyi aktive etmesine neden olur, bu da tüm tapınağın sarsılmasına yol açar. Grup ne olduğunu anladığı anda odadan dışarı fırlarlar. Kaçarken Keroro kazara Kero Topunu kaybederken, Fuyuki dışarı kaçarken parlayan genç bir kadının hızla geçen bir görüntüsünü görür ve Keroro'ya odada bir kız olduğunu söyler, ancak başka bir şey söyleyemeden odadan ayrılmak zorunda kalır. Grup başarıyla kaçarken, kız (şimdi parlayan bir çift kanat açmış) onları izler - odanın içinde ise kristalin içinde bir şeyler büyümektedir...