Kısa süre önce saflara katılan ve Kaijuu No. 8 olarak da bilinen Kafka Hibino'nun etkisiz hale getirilmesiyle sonuçlanan büyük operasyonun ardından Savunma Gücü, onunla nasıl başa çıkacakları konusunda şaşkına döndü. İnsanların tarafına geçen ilk kaijuu olan Kafka, dikkatli bir değerlendirmenin ardından, en güçlü birliğe gücünü katma umuduyla Savunma Gücü'nün Birinci Tümenine nakledilir; bu tümen

Kısa süre önce saflara katılan ve Kaijuu No. 8 olarak da bilinen Kafka Hibino'nun etkisiz hale getirilmesiyle sonuçlanan büyük operasyonun ardından Savunma Gücü, onunla nasıl başa çıkacakları konusunda şaşkına döndü. İnsanların tarafına geçen ilk kaijuu olan Kafka, dikkatli bir değerlendirmenin ardından, en güçlü birliğe gücünü katma umuduyla Savunma Gücü'nün Birinci Tümenine nakledilir; bu tümen her türlü tehditle başa çıkabilecek kapasitededir. Ancak bazıları hala Kafka'dan şüphe duymaktadır ve onun bir sonraki görevde değerini kanıtlaması gerekmektedir. Karınca benzeri devasa bir kaijuu sürüsü yıkıma başladığında, Kafka ve Birinci Tümen kısa süre sonra göreve gönderilir. Kafka'nın arkadaşı Kikoru Shinomiya ve yüzbaşıları Gen Narumi'nin birleşik güçleri sayesinde görev olması gerektiği gibi ilerliyor gibi görünmektedir. Ancak Kafka kaijuu formuna dönüşmeyi başaramadığında, korkunç Kaijuu No. 9, tek bir amaçla savaşa katılır: onu ortadan kaldırmak ve gücünü çalmak. Durum kötüye gitse de, Kafka çocukluk arkadaşı ve Üçüncü Tümen komutanı Mina Ashiro ile yan yana savaşma hayalini sürdürmek istiyorsa, diğerleriyle birlikte şimdiye kadarki en zorlu sınavını aşmalıdır.