Tektonik levhalardaki yıkıcı değişimlerin ülkenin büyük bir kısmını sular altında bırakmasının üzerinden yüz yıl geçtikten sonra Japonya, artık bir deniz ulusu olarak gelişmektedir. Japonya kıyılarında yüksek işlevsel şehirler yer almakta ve iyi gelişmiş deniz rotaları özel donanma gemileri tarafından korunmaktadır. Denizcilik endüstrisi gelişmekte ve genç kızlar hayatlarını denizleri korumaya ada

Tektonik levhalardaki yıkıcı değişimlerin ülkenin büyük bir kısmını sular altında bırakmasının üzerinden yüz yıl geçtikten sonra Japonya, artık bir deniz ulusu olarak gelişmektedir. Japonya kıyılarında yüksek işlevsel şehirler yer almakta ve iyi gelişmiş deniz rotaları özel donanma gemileri tarafından korunmaktadır. Denizcilik endüstrisi gelişmekte ve genç kızlar hayatlarını denizleri korumaya adamış, son derece yetenekli kadınlar olan Mavi Deniz Kızları'na katılmak için can atmaktadır. Bir süre ayrı kaldıktan sonra, çocukluk arkadaşları Akeno Misaki ve Moeka China, Yokosuka Kızları Denizcilik Lisesi'nde yeniden bir araya gelir. Burada, Mavi Deniz Kızları olma hayalini paylaşan diğerleriyle tanışırlar. Kısa süre sonra, Akeno ve Moeka kendi gemileri ve mürettebatlarının sorumluluğuna atanarak eğitim tatbikatları başlar. Bir destroyer gemisi olan Harekaze'de kaptan olarak rolüne alışıp mürettebat arkadaşları arasında yoldaşlık kurarken, her şey Akeno için sorunsuz ilerlemektedir. Ancak, beklenmedik motor ve navigasyon arızaları kısa süre sonra gemilerini karaya oturtur ve mürettebatı tehlikeye atar. High School Fleet, tam teşekküllü Mavi Deniz Kızları olma yolculuklarında tehlikeli sular ve diğer engellerle mücadele eden Harekaze'nin yiğit mürettebatını takip eder.