Harukanaru Toki no Naka de 2'nin sonundan bu yana 100 yıl daha geçti (orijinal animeden 200 yıl sonra). Geçmişte, gelecekte çok az zaman geçmişti. Bir gün, Kasuga Nozomi lisesinde tuhaf bir çocukla tanışır ve bu çocuk onu zaman ve uzayda, Heian döneminin sonlarındaki Kyoto'ya çok benzeyen başka bir dünyaya ait Kyo'ya gönderir. Orada, Minamoto no Yoritomo'nun liderliğindeki Minamoto klanı ("Genji")

Harukanaru Toki no Naka de 2'nin sonundan bu yana 100 yıl daha geçti (orijinal animeden 200 yıl sonra). Geçmişte, gelecekte çok az zaman geçmişti. Bir gün, Kasuga Nozomi lisesinde tuhaf bir çocukla tanışır ve bu çocuk onu zaman ve uzayda, Heian döneminin sonlarındaki Kyoto'ya çok benzeyen başka bir dünyaya ait Kyo'ya gönderir. Orada, Minamoto no Yoritomo'nun liderliğindeki Minamoto klanı ("Genji"), Taira no Kiyomori'nin liderliğindeki Taira klanıyla ("Heike") savaştadır. Heike, intikamcı ruhları serbest bırakarak Genji'yi yenmeyi, dünyanın doğal enerji akışını bozmayı ve toprağı terörize etmeyi ummaktadır. Çocuk, Kyo'yu koruyan Beyaz Ejderha Tanrısı Hakuryuu'nun insan formu olarak ortaya çıkar ve intikamcı ruhların varlığından dolayı zayıflamıştır. Hakuryuu no Miko (Beyaz Ejderha Tanrısı Rahibesi) olarak Nozomi, Hakuryuu gücü geri gelene kadar onu evine gönderemeyeceği için Genji ile müttefik olur...