The Fruit of Grisaia'dan birkaç yıl sonra... Bir zamanlar genç kızlar için bir sığınak olan "Mihama Akademisi", artık ulusal savunma yeteneklerini geliştirmeye adanmış bir SORD (Özel Araştırma ve Geliştirme Teşkilatı) eğitim okuluna dönüştürülmüştür. Rena ve Maki ateşli silahlarda, Tohka ve Gumi keskin nişancılıkta uzmanlaşmıştır; Chris patlayıcılar ve veri işleme, Murasaki ise istihbarat operasy

The Fruit of Grisaia'dan birkaç yıl sonra... Bir zamanlar genç kızlar için bir sığınak olan "Mihama Akademisi", artık ulusal savunma yeteneklerini geliştirmeye adanmış bir SORD (Özel Araştırma ve Geliştirme Teşkilatı) eğitim okuluna dönüştürülmüştür. Rena ve Maki ateşli silahlarda, Tohka ve Gumi keskin nişancılıkta uzmanlaşmıştır; Chris patlayıcılar ve veri işleme, Murasaki ise istihbarat operasyonları için yetenekli bir ninjadır. Birlikte, polis veya Savunma Kuvvetleri için fazla karmaşık olan vakaları üstlenirler ve tekrar tekrar tehlikeli görevlerle yüzleşirler. Bu, kan ve barutla boyanmış bu genç kızların hikayesidir.