İnsanlık, 20.000 yıl önce Dünya'yı terk etmelerine neden olan canavar Godzilla'yı nihayet öldürmeyi başardı, ancak bu destansı savaşta büyük kayıplar yaşandı. Ne var ki, Haruo Sakaki'nin askerlerinin öldürdüğü bu yaratık yalnız değildi; Dünya'da henüz yenilmemiş başka bir Godzilla daha vardı. İlk savaştan ağır yaralı olarak kurtulan Sakaki, gezegeni terk eden insanların evine uyum sağlamış genç bi

İnsanlık, 20.000 yıl önce Dünya'yı terk etmelerine neden olan canavar Godzilla'yı nihayet öldürmeyi başardı, ancak bu destansı savaşta büyük kayıplar yaşandı. Ne var ki, Haruo Sakaki'nin askerlerinin öldürdüğü bu yaratık yalnız değildi; Dünya'da henüz yenilmemiş başka bir Godzilla daha vardı. İlk savaştan ağır yaralı olarak kurtulan Sakaki, gezegeni terk eden insanların evine uyum sağlamış genç bir Houtua kabilesi üyesi kızın yanında uyanır. İnsanlara şaşırtıcı derecede benzeyen Houtua halkı, uzun zaman önce terk edilmiş gezegenin değişen iklimine ayak uydurmayı başarmıştır. Kaynaklarının büyük bir kısmı tükenmiş olan Sasaki'nin özel kuvvetlerinin hayatta kalan üyeleri, görevlerinden ve evrenlerinden vazgeçip vazgeçmeme ya da imkansız görünen bir savaşa girme kararıyla mücadele etmektedir. Ancak umut tamamen tükenmiş değil; Bilusalud ırkından uzaylılar, Godzilla'ya karşı kullandıkları Mechagodzilla silahının kalıntılarını keşfederler. Bu güçlü silah cephaneliklerinde olsa bile, zafer hala ulaşılmaz görünmektedir: Godzilla tüm bu zamanı evrimleşerek ve üstünlüğüne meydan okumaya cesaret eden herkesi yenmeye hazırlanarak geçirmiştir.