Anime'nin hikayesi, dördüncü nükleer olmayan savaşın sona ermesinden bir yıl sonra, 2027 yılında geçmektedir. New Port City, savaşın ardından toparlanmaya çalışırken, kendi kendine ilerleyen bir mayının neden olduğu bombalı saldırıyla sarsılır. Ardından, silah kaçakçılığı rüşvetine karışan bir askeri üye vurularak öldürülür. Soruşturma sırasında Kamu Güvenliği Departmanı'ndan Daisuke Aramaki, ord

Anime'nin hikayesi, dördüncü nükleer olmayan savaşın sona ermesinden bir yıl sonra, 2027 yılında geçmektedir. New Port City, savaşın ardından toparlanmaya çalışırken, kendi kendine ilerleyen bir mayının neden olduğu bombalı saldırıyla sarsılır. Ardından, silah kaçakçılığı rüşvetine karışan bir askeri üye vurularak öldürülür. Soruşturma sırasında Kamu Güvenliği Departmanı'ndan Daisuke Aramaki, ordunun 501. Gizli Birimi'ne atanmış sibernetik büyücü seviyesindeki hacker Motoko Kusanagi ile karşılaşır. "Uyku bilmeyen göze" sahip Batou, Kusanagi'nin bombalamanın arkasındaki kişi olduğundan şüphelenmektedir. Niihama Eyalet Polisinden dedektif Togusa, kendi davası olan cinayet ve bir fahişenin öldürülmesini araştırmaktadır. Motoko ise 501. Gizli Birimi'nin başı Kurutsu ve sibernetik ajanlar tarafından gözetim altındadır.