Kanji Sasahara, uyumlu olabileceği bir yer arayan içine kapanık bir üniversite öğrencisidir. Bir gün, otaku kültürünün tüm yelpazesini bir araya getirmeyi amaçlayan, Modern Görsel Kültür İnceleme Topluluğu – yani Genshiken – olarak bilinen kulübe denk gelir. Ancak kulübe ilk ziyareti iyi bitmez; Sasahara'nın gururu, kendinden büyük öğrenci Harunobu Madarame tarafından ezilir ve otaku doğasını tama

Kanji Sasahara, uyumlu olabileceği bir yer arayan içine kapanık bir üniversite öğrencisidir. Bir gün, otaku kültürünün tüm yelpazesini bir araya getirmeyi amaçlayan, Modern Görsel Kültür İnceleme Topluluğu – yani Genshiken – olarak bilinen kulübe denk gelir. Ancak kulübe ilk ziyareti iyi bitmez; Sasahara'nın gururu, kendinden büyük öğrenci Harunobu Madarame tarafından ezilir ve otaku doğasını tamamen reddederek toplantıdan ayrılır. Fakat görünüşünün aksine sıkı bir otaku olduğu ortaya çıkan kulüp üyesi Makoto Kousaka ile arkadaş olduktan sonra Sasahara, en sevdikleri anime'lere takılıp kalmak, doujinshi okumak ve konvansiyonlara katılmak gibi kulüp etkinliklerine daha fazla dahil olur. Orada, erkek arkadaşını "normal bir adam" yapmaya çalışan, Kousaka'nın şiddetle otaku karşıtı kız arkadaşı Saki Kasukabe gibi başka ilginç insanlarla tanışır. Saki otaku kültürünü ve erkek arkadaşının buna olan sevgisini anlamaya çalışırken, Sasahara Genshiken'de zaman geçirmekten keyif aldığını fark eder, bir zamanlar sahip olduğu otaku olduğu gerçeğini yavaş yavaş terk eder ve otaku yaşam tarzına kendini kaptırır.