İstilacıların ilk yenilgisinden bu yana otuz iki yıl geçti. A.E.G.I.S artık neredeyse dağılmış durumda ve insanlığı kurtarmak için geriye kalan sadece birkaç Kapı Muhafızı'ndan oluşan bir yeraltı örgütü haline geldi. Üyelerden biri olan Ayane Isuzu, babasına duyduğu nefret yüzünden İstilacıları yenmeye devam etse de genel olarak toplumdan bıkmış durumda. Aniden, Makine Generali (Kikai Shogun) ve Ş

İstilacıların ilk yenilgisinden bu yana otuz iki yıl geçti. A.E.G.I.S artık neredeyse dağılmış durumda ve insanlığı kurtarmak için geriye kalan sadece birkaç Kapı Muhafızı'ndan oluşan bir yeraltı örgütü haline geldi. Üyelerden biri olan Ayane Isuzu, babasına duyduğu nefret yüzünden İstilacıları yenmeye devam etse de genel olarak toplumdan bıkmış durumda. Aniden, Makine Generali (Kikai Shogun) ve Şeytan Kontu'nun (Akuma Hakushaku) yeniden dirildiğini öğrenir, ancak onlara gizemli bir hayalet kız eşlik etmektedir. Onları durdurmak ve insanlığı bir kez daha kurtarmak Ayane ve A.E.G.I.S'in kalıntılarına kalmış.